Bien que le nom semble indiquer qu'il s'agit d'eaux thermales à hautes températures, il s'agit en réalité d'un réseau de sources d'eaux chaudes effervécentes, qui sont proche du point d'ébulition.
Il existe une série de petits puits construits sur un espace dénommé "L'Amphithéatre", d'où il est possible d'admirer les cascades fossilisées qui forment partie du même ensemble.
Hierve el Agua était un lieu sacré des zapotèques, peut être en raison de ses contrastes naturels, puisqu'il se trouve au coeur d'une chaine de montagne arride.
En Hierve el Agua a été le lieu de construction il y a 2500 ans d'un complexe système d'irrigation à partir de "L'Amphithéatre", unique au Mexique, ayant permis le développement d'une agriculture intensive, sur des terrains fortement pentus, et rentabilisant au maximum l'eau des sources.